Княжичу Иоанну было всего три года, когда умер его отец, Василий Иоаннович. До 1538 года во главе государства стояла его мать, Елена Глинская, со своим фаворитом князем И.Ф. Овчина-Оболенским. Пятилетнее правление Елены Глинской проходило в непрерывных смутах и междоусобицах. Во время ее правления были убиты два брата Василия Иоанновича – Юрий Иоаннович и Андрей Старицкий, а также ее родной дядя Михаил Глинский. В 1538 году Елена Глинская внезапно умерла. Существует предположение, что она была отравлена.
   После смерти Елены Глинской страной правила Боярская дума. Иоанн IV рос в мрачной обстановке дворцовых переворотов, которые сопровождались убийствами и насилием. Это, как полагают историки, и явилось причиной проявления в характере юного Иоанна необузданной жестокости и своеволия. Советником царя стал митрополит Макарий. Так, в 1534 году Иоанн приказал казнить князя А.М. Шуйского. В 1547 году, в 16-летнем возрасте венчался на царство и впервые за всю историю Русского государства провозгласил себя царем.
   Во время Московского восстания 1547 года Иоанн IV бежал в село Воробьево, а после бунта сурово наказал восставших. Так окончилось правление бояр. В течение последующих 13 лет царь управлял страной совместно с Избранной радой, в состав которой входили представители высшей знати, духовенства и дворянства. Новыми советниками царя стали священник Сильвестр и Алексей Адашев.
   Программа действий Иоанна IV и его окружения была обнародована на созванном в феврале 1549 года совещании членов Боярской думы и представителей дворянства и служилых людей – Земском соборе. Это был первый Земский собор, положивший начало непериодическому созыву совещаний представителей сословий. В 1550 году был принят новый Судебник. В начале 60-х годов XVI века Избранная рада прекратила свое существование, и Иоанн IV перешел к самодержавной форме правления. Он ввел новый порядок управления государством. Территория страны, войско, система центрального управления были поделены надвое: одна часть подчинялась царю (Опричнина), другая – Боярской Думе (Земщина). Одновременно были созданы специальные отряды дворян-опричников.
   За семь лет существования опричнины была практически истреблена боярская оппозиция, разгромлены города Новгород, Тверь и Торжок (1569 год). Царь окружил себя новыми любимцами. Это были Алексей Басманов, Малюта Скуратов, Афанасий Вяземский, Василий Грязной и другие. Ошибки во внутренней политике и затяжная война привели страну в 70-80 годах XVI века к тяжелому экономическому кризису и разорению населения. Царь ввел временный запрет на переход крестьян в Юрьев день.